Στην πραγματικότητα βέβαια τα πράγματα ήταν πιο σύνθετα. Η θλίψη της για τους ναζί δεν ήταν ο μόνος λόγος που οδήγησε την μεγάλη ελληνίδα πεζογράφο, συγγραφέα βιβλίων όπως: «Τον Καιρό του Βουλγαροκτόνου», «Παραμύθι χωρίς όνομα», «Ο Τρελαντώνης», «Ο Μάγκας», «Τα Μυστικά του βάλτου», να πιει δηλητήριο για να βάλει τέλος στη ζωή της.  

Η Πηνελόπη Δέλτα ταλαιπωρούνταν ήδη επί πολλά χρόνια από σκλήρυνση κατά πλάκας ενώ σημαντικό ρόλο έπαιξε ένας έρωτας που δεν εκπληρώθηκε ποτέ, «το μόνο δίλημμα που ζει μέσα της με φρικτή ένταση», όπως είχε πει η ίδια, αυτός προς τον Ίωνα Δραγούμη, τον οποίο «περίμενε πάντα και αγάπησε σαν Μήδεια» (βλ. παρακάτω σχετική επιστολή).

«Είχε εμμονή με τον Ίωνα Δραγούμη. Δεν έβαλε τέλος στη ζωής της μόνο και μόνο εξαιτίας της θλίψης της για την είσοδο των Γερμανών στην Αθήνα. Ήταν ένα συνονθύλευμα αιτιών έπασχε και από σκλήρυνση κατά πλάκας», είχε δηλώσει σχετικά ο δισέγγονος της Πηνελόπης Δέλτα και διακεκριμένος ιστορικός, Αλέκος Π. Ζάννας. 

Ο Ίωνας Δραγούμης ήταν υποπρόξενος της Ελλάδας στην Αλεξάνδρεια και εκεί η Πηνελόπη Δέλτα τον γνώρισε και τον ερωτεύτηκε κεραυνοβόλα. Ωστόσο ως κόρη του μεγαλέμπορου βαμβακιού και μετέπειτα δημάρχου της Αθήνας, Εμμανουήλ Μπενάκη, ήταν μέλος μιας μεγαλοαστικής οικογένειας και η ζωή της συνδέθηκε -θέλοντας και μη- με βαθιές κοινωνικές και πολιτικές επιταγές της εποχής.

Επίσης σε ηλικία 21 ετών την υποχρέωσαν να παντρευτεί έναν πλούσιο Φαναριώτη, τον Στέφανο Δέλτα, από τον οποίο προσπάθησε να πάρει διαζύγιο αλλά ατελέσφορα. Έτσι, εκείνη παρέμεινε εγκλωβισμένη σε νόρμες και ο έρωτάς τους για πάντα ανεκπλήρωτος. Ένας έρωτας, το πάθος και το σθένος του οποίου αποκαλύπτεται σε επιστολή της προς τον Ίωνα Δραγούμη το 1906, σε ηλικία 32 ετών:

«Μένω ακόμη ένα χρόνο, σου το έγραψα• αν με θέλεις ύστερα, αν δεν αλλάξεις, Ίων μου, αν θέλεις τότε, πάρε με… Και τώρα όμως αν με ήθελες δεν θα μπορούσα να σου πω πια όχι• τώρα δεν ξέρω πια τι θα πει τιμή και λόγος και όρκος• ξέρω πως στον κόσμο κάπου ζεις εσύ, πως μ” αγαπάς ακόμη, πως εσύ μπορείς να γίνεις δικός μου όποταν σε φωνάξω. Ίων μου, δεν σε φωνάζω• μα αν με θελήσεις ποτέ, ξέρεις πού είμαι• σε περιμένω πάντα και σ” αγαπώ σαν Μήδεια, είσαι το μόνο δίλημμα που ζει μέσα μου με φρικτή ένταση• τ” άλλα όλα πέθαναν, η αγάπη σου τα σκότωσε! Μη με φοβηθείς• αγαπώ άγρια, μα αγαπώ με φοβερή tendresse το χλωμό παιδί που με φίλησε στο στόμα εκεί στα πεύκα. Ίων μου, θα πεις πως είμαι τρελή, και το ξέρω, μα όπως εκείνο το βράδυ, που πρώτη φορά με ξανάβλεπες, ύστερα από την πρώτη απόπειρα, ήσουν «τρελός για μένα», έτσι κι εγώ είμαι τρελή για σένα… Και μεθώ και δεν ξέρω πια να λογαριάσω τι θα πει «τιμή» και «λόγος». Ξέρω μόνο πως σ” αγαπώ, τ” ακούς, Ίων; σ” αγαπώ άγρια και θέλω την αγκαλιά σου και το στόμα σου που φιλεί φρικτά, σε θέλω όλον, όλον, δικό μου για πάντα, και πονώ αλύπητα και ανυπόφορα, και μ” έρχεται να φύγω απόψε, πριν από το γράμμα μου, να μη σου μιλήσω πια, να μη σου γράψω «σ” αγαπώ», μόνο να έλθω εκεί, να ορμήσω στο σπίτι σου, να χυθώ στο λαιμό σου, και χωρίς λέξη, να πνίξω την αναπνοή σου, φιλώντας σε στο στόμα, ώσπου να να κλείσεις τα μάτια σου και να πέσει το κεφάλι σου στον ώμο μου, χλωμό και αποκαμωμένο, μισοπεθαμένο από συγκίνηση και πόνο και χαρά που σκοτώνει. Το ξέρω πως είμαι τρελή μα η αγάπη κάποιον τρελαίνει»

Μαραζωμένη και ταλαιπωρημένη λοιπόν από τη ζωή, μια μέρα σαν αυτήν, σε ηλικία 67 ετών και ύστερα από δύο ακόμη απόπειρες αυτοκτονίας, αποφάσισε να πιει δηλητήριο και πέθανε ύστερα από 5 μέρες, στις 2 Μαΐου του 1941. 

Δίπλα της βρίσκουν το στερνό γραπτό της: «Παιδιά μου, ούτε παπά, ούτε κηδεία. Παραχώστε με σε μια γωνιά του κήπου, αλλά μόνο αφού βεβαιωθείτε ότι δεν ζω πια. Φροντίστε τον πατέρα σας. Τον φιλώ σφιχτά. Π.Σ. Δέλτα».